Najstarsza wzmianka pisana o parafii Czemierniki znajduje się w spisach Świętopietrza pod datą 1325. W XVI wieku na okres przeszło 200 lat siedziba parafii związała się z rodem Firlejów. W 1508 roku Mikołaj Firlej otrzymał nadanie królewskie od Zygmunta I Starego na wsie: Dębica, Tarkawica i Czemierniki w nagrodę za wyprawę przeciw moskiewskiemu kniaziowi Bazylemu. Już w 1509r Mikołaj Firlej uzyskał od króla Zygmunta I przywilej lokacyjny dla Czemiernik. Najstarsza pieczęć miejska wyobraża wazon z trójlistną rośliną. Na środkowym liściu widnieje krzyż, a na wazonie data 1527. Pieczęć ta została wyciśnięta na dokumencie datowanym na 1552 rok. Znajduje się ona w zbiorach Muzeum Czapskich w Krakowie. W XVII wieku miasto pieczętuje się już innym herbem. Przedstawia on ukoronowaną Madonnę w zielonej szacie klęcząca na złotym półksiężycu na niebieskim polu. Na otoku można przeczytać napis: † SIGILLUM CIVIT… CZEMIRN… †.

Mikołaj Firlej miał dwóch synów: Piotra i Mikołaja. Piotr Firlej znany był ze szczególnej hojności wobec Kościoła. Wybudował lub odnowił oraz wyposażył około 20 kościołów. Zmarł w 1533 roku i został pochowany w lubelskiej bazylice oo. Dominikanów. Pozostawił trzech synów: Jana, Mikołaja i Andrzeja. Dobra czemiernickie przydały Janowi Firlejowi. Był on człowiekiem wykształconym. Studiował nauki wyzwolone najpierw w Krakowie potem w Lipsku gdzie zetknął się z luteranizmem. Wreszcie przeszedł na kalwinizm. Po powrocie do kraju zaprowadził nową wiarę w swoich posiadłościach. Pozbawił przede wszystkich Kościół wszelkich dochodów, a potem doprowadził do wygnania proboszcza czemiernickiego i działających od niedawna księży mansjonarzy, zajął świątynię wraz z wyposażeniem. Kościół splądrowano, pozbawiono sprzętów kościelnych, proboszcza i misjonarzy wypędzono. Od 1596 roku kościół w Czemiernikach stał pusty. Przez 40 lat w Czemiernikach nie było katolickich księży.

Jan Firlej sprawował wiele znaczących urzędów państwowych i powagą swojej osoby bardzo przyczynił się do rozszerzania się kalwinizmu w Polsce. Ze swoich trzech kolejnych małżeństw miał w sumie ośmioro dzieci. Umarł w 1574 roku zdążywszy jeszcze zobaczyć, że wszystkie jego dzieci, za wyjątkiem Andrzeja kasztelana radomskiego, powróciły na łono Kościoła katolickiego. Najmłodszy syn urodzony niedługo przed śmiercią Jana Firleja, do chrztu trzymany przez ówczesnego króla Henryka Walezego, otrzymał imię po nim. Kształcił się w Krakowie, następnie za granicą. Cieszył się specjalnymi względami papieża Klemensa VIII z rodu Aldobardini, będącego przyjacielem rodu Firlejów od czasu, gdy jako nuncjusz przebywał w Polsce. Papież uczynił młodego Henryka prałatem domowym, referendarzem i protonotariuszem apostolskim. Po powrocie do kraju Henryk Firlej otrzymał w 1600 roku godność scholastyka krakowskiego, a w 1605 roku referendarzem koronnym, a 1616 roku został podkanclerzem. Równocześnie rozwijała się jego kariera kościelna. Będąc już proboszczem Miechowskim i Płockim został, w 1616 roku biskupem łuckim, w 1617 biskupem płockim, a w siedem lat później – arcybiskupem gnieźnieńskim, a zatem prymasem.